La implantación de la monarquía nazarí en el nuevo Reino de Granada no fue tarea fácil. Muhammad I y su sucesor Al-Ahmar tuvieron que enfrentarse a sus propios hermanos y a numerosas insurgencias para conseguir estabilizar el régimen político. Éste último consiguió hacerse definitivamente con el porder en el año 1.238, cuando es por fin aclamado como rey y desde la colina de La Sabika (cuenta la leyenda) decidió iniciar la construcción de una alcazaba que con el paso de los siglos se convertiría en la Alhambra. Desde ese momento se dedica a pacificar el reino y a sofocar las continuas sublevaciones y culmina su tarea en el año 1.245 con la toma de Almería. Al año siguiente consiguió establecer un pacto con los pujantes reinos cristianos del norte, el Tratado de Jaén, por el que quedaban fijadas unas fronteras relativamente estables a cambio de prestar vasallaje y pagar tributo a Fernando III de Castilla. Con esto, en teoría, el nuevo y último reino musulmán de la península se aseguraba cierta estabilidad para los años venideros aunque la realidad fue que los dos siglos largos de monarquía nazarí en Granada fueron una sucesión de sublevaciones, represiones, correrías, traiciones, cambios de monarca y lenta pero constante pérdida de territorio.

Curiosamente, la pujanza socioeconómica de la ciudad y la construcción de los palacios y fortalezas de la Alhambra siguieron siempre adelante sin verse interrumpidos por el devenir político, lo que convertía a Granada en la más rica y activa ciudad de la península.

A Alhamar le sucedió en el trono Muhammad III “el ciego”, destronado al poco tiempo por su propio hermano quien, a su vez, fue destronado por su sobrino Ismail. Con Ismail I la ciudad conoció una época de particular esplendor y crecimiento del reino en el que se consiguió detener al enemigo cristiano e incluso hacerlo retroceder ligeramente. La mayor derrota de las huestes cristianas tuvo lugar en el año 1.319 en la batalla de Sierra Elvira, hecho que figura inscrito en el pórtico de entrada al Generalife. A Ismail I le sucedió Muhammad IV, el cual perdió la vida por los pactos e intrigas en que se vio envuelto con la tribu guerrera norteafricana de los meriníes, sucedido a su vez por Yusuf I “el justo” en 1.333 quien dio un especial impulso a la ciudad, al comercio y a las artes y las letras pese a verse sometido de nuevo a la intensa presión de los reinos cristianos y perder una parte sustancial de su territorio tras la calamitosa batalla del Salado en 1.340. Bajo Yusuf I la Alhambra recibió uno de los mayores impulsos y se edificaron el Cuarto de Comares, la Sala de la Barca, el Patio de los Arrayanes, la Puerta de la Justicia, la Torre de los Siete Suelo, los Baños Reales y la Torre de la Cautiva. Además, en la ciudad se construyeron la Madraza, la Gran Mezquita y la Fondak (actual Corral del Carbón) junto con otros edificios civiles y palacios construidos por la nobleza local al amparo de los notables progresos económicos y sociales manifestados en la publicación de un Código civil y religioso bajo el cual se regían todos los ciudadanos.

Asesinado Yusuf I en una mezquita en un momento de crisis interna, le sucidió Mohammad V, destronado a su vez por Muhammad VI mediante intrigas palaciegas, las mismas que le costaron la vida al ser asesinado por Don Pedro I en los Alcázares sevillanos. Esto permitió el regreso de Mohammad V quien en esta segunda oportunidad dio un nuevo impulso a la ciudad, a las letras y a la misma Alhambra, levantando el Patio de los Leones y la Puerta del Vino.

A partir de este momento, en el siglo justo que va desde la muerte de Mohammad V en 1.391 hasta la toma de la ciudad por las tropas cristianas, el reino es gobernado por emires carentes de autoridad y constantemente reemplazados por familiares envueltos en constantes intrigas palaciegas o dominados por poderosas familias como la de los Abencerrajes. Para hacerse una idea, en este siglo gobiernan, entre otros, Yusuf II, Muhammad VII, Muhammad VIII, Muhammad IX, Saad y Muley Hassan (Mulhacén). Todo este siglo está marcado por el lento goteo de plazas perdidas en favor de de los reinos cristianos que se dirigían lenta pero inexorablemente hacia la capital del reino, la propia Granada.